#820 Fix ITs by using createAccumuloClient (#827)

* ITs were failing as getAccumuloClient was used within try-with-resources
* Replaced use of getAccumuloClient with createAccumuloClient to fix issue

Cleanup TabletServerLogger code (#793)

* Remove unnecessary object manipulation across method calls
* Remove unused methods
* Replace code with lambdas
* Removed Mutations class that is no longer needed
* Removed extra loops for checking durability by creating maxDurability method
* Make Tserver not log mutation when durability is none
* Simplify sendables object that calls commit on mutations

Removed unused code (#826)

* Code was not used by Accumulo, unit tests or ITs
* If this code is ever brought back to life, it should probably
  live in accumulo-testing repo or a personal repo

#820 - Make sure AccumuloClient is closed (#825)

* Closed AccumuloClient in many places where it was not being closed
* Updated method names to reflect if AccumuloClient should be closed.
* 'create' in method name means returned AccumuloClient must closed by user
* 'get' in method name means returned AccumuloClient doesn't need to be
  closed by user

Create method for duplicate code in Tserver

Auto-formatting fix (#814)

Fixed MapReduce check (#814)

* Check was causing problems in RandomWalk test
  even though job was configured correctly

fixed javadoc

Make new MR API accept booleans. Closes #803 (#812)

CR updates

Improved tablet metadata abstraction layer and used it more. (#797)

Log mini classpath at debug #703

Remove unnecessary check

* Check is causing problems in RandomWalk test
  even though job is configured correctly

Fixes #788 - Remove ClientInfo from API (#808)

Cleanup hadoop-mapreduce (#809)

* Drop unused unwrapping DelegationTokenStub and methods
* Drop exceptions never thrown

Inlined authenticate() into ConnectorImpl (#806)

Remove unnecessary exceptions from ClientContext (#805)

Remove exceptions which are never thrown, and clean up exception
handling of internal code which called ClientContext.getClient()

Fix rawtypes warnings by adding generic type parameters to
ClientBuilderImpl in AccumuloClientImpl

Save actions in IDE automatically converted some anonymous inner classes
to cleaner lambdas.

Minor corrections to javadoc

fixes #791 fixed bug in ConcurrentKeyExtentCacheTest (#801)

Removed more ClientInfo references from API (#799)

Inlined KeyExtent.getMetadataEntry

Running the build formatted some code

Replace ClientInfo with properties in MR (#796)

* Remove ClientInfo from the MapReduce API by replacing it with client properties

Unit test and validation for client properties (#795)

#792 - formatting fixes

Fixes #776 - Move partitioners out of hadoopImpl (#794)

Updates to client builder API (#792)

* Removed use ClientInfo in AccumuloClient
* Removed changeUser method from AccumuloClient
* Created Accumulo.newClientProperties() for building client properties
* Removed client verification from AccumuloClient constructor but kept
  it for Connector
* Added properties() method to AccumuloClient

Fix warnings

Remove unnecessary warnings suppressions
Inline deprecated import

Merge branch '1.9'

Fix warnings by adding missing generic types

Make auths optional in new MR API (#789)

* Get the users auths if non are set

Merge branch 'master' of https://gitbox.apache.org/repos/asf/accumulo

Merge branch '1.9'

Make durability propertyType case insensitive (#790)

* Durability has uppercase values but the PropertyType.isValidFromat check fails if the
enum is set as a value.

fixes ACCUMULO-4410: Master did not resume balancing after administrative tserver shutdown
  - Updated the master to reduce the serversToShutdown to only those that are current.
  - Removed the statefulness of the ShutdownTServer fate operation as that state is never actually maintained.
  - Ensure the update() call is continuously invoked ensuring we clean up the serversToShutdown in a timely manor.

fixes #785 avoid using system classloader in client rfile code (#786)

* fixes #785 avoid using system classloader in client rfile code

Properly making this change cascaded into wider changes.  Trying to avoid the
system classloader led to the discovery of code in BCFile that created a
crypto service using static config and the system classloader.  I realized
this code needed to go which resulted in making the crypto service mandatory
when opening an RFile.  This led to pushing the  ServerContext further into
code, which is a good thing.

The following actions were taken :

 * Made CryptoService a required argument for opening a file in FileOperations
 * MAde CryptoServiceFactory require the caller to specify if accumulo
   classloader should be used.
 * Added CryptoServiceFactory.newDefaultInstance() method and called this in
   places like test code that just need the default crypto service.
 * Pushed ServerContext further into code.  One nice thing about this is that
   things available from ServerContext no longer needed to passed.

Monitor 2.0: Minor bug fixes, chart updates (#745)

* Fix avatar jumping left/right between small/medium layouts
* Overview chart updates

Update generated doc order to match website

Create types in ClientProperty. Closes #778 (#779)

* Fixes precision with BW config. Closes #778
* Added property types to ClientProperty
* Renamed batch writer props for consistency with server properties
* Add default to durability PropertyType bounds
* Use separate getter and setter methods for different types

fixes #780 fix rfile client replication bug (#782)

Remove debug statement

Verifying whether JAVA_HOME is set or not (#772)

fixes #774 removed race condition in lru cache (#775)

Suppress FB warnings in new MR ITs

MR Improvements Closes #753 #751 (#765)

* Combine MR static method and builder. Closes #753
* Remove BWConfig from map reduce API.  Closes #751
* Replace setInfo methods with configure which begins fluent API
* Replace *Info objects with *FormatBuilders
* Migrate tests from core to use new API

Co-authored-by: Keith Turner <kturner@apache.org>
* Limit MR config to Job XOR JobConf (#13)

Remove unused imports from BatchWriterConfig

Get defaults for BatchWriterConfig from ClientProperty (#777)

fixes #518 ignore non rfiles in new bulk import (#773)

Avoid two copies of INSTALL.md in source & website (#770)

* Removing INSTALL.md in source
* README.md now points to quickstart on website which is
  equivalent to INSTALL.md

Merge branch '1.9'

Format C++ code (manually)

* Replace tabs with 2-space indents
* Remove trailing whitespace
* Remove a few excessive blank lines
* Apply indentation uniformly with vim '='

fixes #767 correct allocation issue in native maps (#769)

This fixes a bug that was found when building the native maps against
Fedora 29.  The cause of the bug was that an empty C++ map seemed to
allocate a small amount of memory, which was a new behavior.  This new
behavior violated an assumption made by the custom alloctor used by the
native map code.  The code was restructured to avoid this issue.

ACCUMULO-4496 Added link to 2.x docs

Merge branch '1.9'

Merge branch 'pr-697' into 1.9

Merge branch '1.9'

Minor clean up from #766

* Make commons-configuration dependency in assembly module optional, to
avoid transitive dependency resolution if somebody depends on the
assembly module.
* Sort assembly component includes, for easier
comparison/diff/deduplication

Merge branch '1.9'

Adjusted packaging by moving impl and crypto related classes into new
packages that were not part of the API packaging naming system.

Include commons-configuration in our convenience binaries for Hadoop 2. (#766)

We need newer than Hadoop 2.y releases provide now, so bring our own along.

Closes #757

Fixes #747 - Shorten method names in AccumuloClient builder (#752)

fixes #495 use file len cache for summary data (#741)

Fix warnings and jar sealing issues with ITs (#761)

* Fix compiler warnings
  * Add missing Deprecated annotation in class method which overrides
    deprecated interface method
  * Add trivial notNull checks in test try-with-resources methods which
    didn't otherwise reference the resource inside the try block
  * Add fail() methods to fail after a test method is called which is
    expected to throw an exception, in order to ensure the exception is
    thrown in the correct line, and to add a reference to the assigned
    variable
  * Add generic parameters and final keyword to CLASS constants in new
    hadoop-mapreduce module
  * Remove import statement for deprecated class
* Rename packages for ITs in new hadoop-mapreduce module to avoid jar
sealing conflicts between the module's main jar and the IT classes
* Fix trivial typos in a comment seen in UserCompactionStrategyIT

Declare test module's dependency on native libs

The test module depends on the native libs. This declares that
dependency explicitly, so that Maven orders the build so that the native
libs are built prior to running the integration tests.

Merge branch '1.9'

Only requeue compaction when there was activity (#759)

Added additional crypto unit tests (#756)

* Test for missing KEK uri file
* Test for empty KEK uri file
* Test for unwrapping with an incorrect KEK
* Added IllegalArgumentException to catch in AESKeyUtils.loadKekFromUri to provide more useful error message

New MapReduce API (#743)

* Created OutputInfo, FileOutputInfo, InputInfo fluent API for building options for single static method
* Made top level classes extend hadoop classes and moved underlying code to hadoopImpl
* Updated unit Tests in hadoop-mapreduce to use new API
* Created NewAccumuloInputFormatIT to test new API
* Added log4j.properties for testing
* Removed AccumuloMultiTableInputFormat (see #749)
* Removed setting of Log4j loglevel
* Remove deprecated methods and broken javadoc

Fix formatting

Updated accumulo-env.sh to include existing CLASSPATH (#750)

Fixes #533 - Create scanners with default user auths (#744)

Avoid ZK watch when checking if property is set (#740)

* Updated AccumuloConfig.isPropertySet() method optionally cache and
  watch for changes in the property

Eliminate use of async:false for ajax requests (#732)

Remove warnings and fix broken javadocs

Also bump the formatter-maven-plugin to the recently released and
current latest 2.8.1

Added Authorization Summarizer (#737)

Merge branch '1.9'

Revert commons-vfs2 version (#728)

Roll back to commons-vfs2 version 2.1 due to bugs with 2.2.  See dev mailing list thread: "commons-vfs2.jar 2.2 buggy"

Merge branch '726a'

Made AccumuloClient Closeable (#718)

With this change when all AccumuloClients are closed all static resources are
automatically cleaned up.  This includes threads and sockets referenced by
static singletons.  Also, fail fast checks were added to make user code calling
a closed client error out.

This change puts Accumulo on the path to remove static code.  Removing static
code is predicated on AccumuloClient being closeable.  Making AccumuloClient
closeable is best done at it inception as this behavior would be hard to add
after release.

When Connector is used, this change keeps static behavior compatible with
previous versions of Accumulo.

Most of the ITs were updated to manage AccumuloClients using try with
resources.

Code review updates (#726)

* Only print warnings if config property is set
* Only print warnings in ServerUtil when process starts

Fixes #725 - Log deprecated properties (#726)

Merge branch '1.9'

Make the ACCUMULO_MONITOR_BIND_ALL property case-insensitive checking

Closes #734

Signed-off-by: Keith Turner <kturner@apache.org>

Merge branch '1.9'

fixes #587 In table delete wait for tablets assigned to dead servers (#727)

The tableOps.CleanUp.isReady() operation was not waiting on tablets that were
assigned to dead tablet servers.  The master will attempt to write logs and
delete the location for these tablets.  Therefore its best to wait for the
Master to make its metadata update before proceeding to clean up a deleted
table's metadata.  Not waiting could result in junk in the metadata table.

Also, slightly unrelated to this bug fix I noticed that the transition table
state method in TabletGroupWatcher was not idempotent. Specifically if a FATE
delete table op attempted to transition a table to DELETING that was already
DELETING it would have thrown an error.  Now transitioning DELETING to
DELETING should be a noop.

fix formatting

Fixes deprecation warning. Closes #701 (#722)

Fix Travis conflict with rat plugin

The travis_wait command in Travis CI causes maven-rat-plugin check
failures, so this modifies the build command to only run that for the
spotbugs/findsecbugs task that disables rat check.

In addition to the Travis console timeout, which was increased to 20
minutes, spotbugs has its own timeout, which must be increased for
findsecbugs, which runs slowly in Travis CI's infrastructure. That is
now increased to 20 minutes from the default of 10 as well.

Adjust travis timeout for build output

* Update spotbugs to latest 3.1.7
* Adjust timeout settings in Travis CI so that it doesn't timeout when
the build doesn't print something to the console within 10 minutes. The
new setting is 20 minutes. This gives spotbugs, when run with the
findsecbugs plugin, more time to analyze the code for security bugs,
which would otherwise timeout frequently on our large core module.

Fix path to parent POM

Cleanup MapReduce package and API (#712)

* Copy back old MapReduce code to core
* Rename new MapReduce module and package names
* Use org.apache.accumulo.hadoop.{mapred,mapreduce} for API
* Use org.apache.accumulo.hadoopImpl for non-API

Fix formatting from merge

Fix #713 Monitor 2.0 overview plots overlap when resizing browser window (#714)

Merge branch '1.9'

* Closes #705
* Closes #706

Fix Job object param in mapreduce.InputFormatBase (#719)

Sort imports

Updates to code that generate configuration docs (#717)

Removed Accumulo class name conflict (#716)

* Class with same name exist in core & server-base
* Renamed Accumulo class in server-base to ServerUtil
* Updated code to use Accumulo.newClient() instead of impl code

TableName from baseSplit is ignored, when getting inputTableConfig within AbstractInputFormat.initialize() (#711)

Created ClientInfo.from(configFile) (#715)

* Consolidated all code for reading config file into one method