Increased the size of uploading files for MIGA gateway

Ansible: disabling usd deploy until we get valid certs

Removed CIRC email from the notification list.

Ansible: trecx app id for prod amos gateway

Ansible: production branch of lrose-sgci django app

Ansible: global floods - django app and geo db config

AIRAVATA-3411 Ansible: tusd_upload_dir for prod inventory

AIRAVATA-3590 remove xmlbeans

AIRAVATA-3590 upgrade log4j and commons-io

update versions

jackson 2.9.10.8

Update email-config.yaml.j2

Adding HTCONDOR jetstream cluster email for monitoring

Commenting out htcondor email configs

Merge branch 'htcondor-new'

# Conflicts:
# modules/orchestrator/orchestrator-service/src/main/java/org/apache/airavata/orchestrator/server/OrchestratorServerHandler.java

Updating Helix version

Ansible: Updating Helix download URLs

Merge pull request #276 from apache/AIRAVATA-3549

Fetching intermediate outputs for an running experiment

Ansible: update/downgrade zabbix agent to 4.0.x

Update email-config.yaml.j2

Added Pinnacle UCMerced cluster email for monitoring.

Ansible: pubad django app config

Ansible: disabling global floods app until we get it working

AIRAVATA-3585 update regex to include React generated files

Update email-config.yaml.j2

Added Slurm <slurm@br003.ib.bridges2.psc.edu> for email monitoring

AIRAVATA-3549 Only allow fetching intermediate outputs when job itself is ACTIVE

AIRAVATA-3549 Allow users with READ access to get intermediate output status

AIRAVATA-3549 code simplification, relying on final COMPLETED process status

AIRAVATA-3549 Add CompletingTask to get COMPLETED status on intermediate output fetching process

Also updated Orchestrator to not update experiment status when receiving
an intermediate output fetching process status event.

AIRAVATA-3549 When fetching intermediate URI_COLLECTION, update process output with data product URIs

Merge branch 'ultrascan-mainteinence'

AIRAVATA-3570 Ansible: include web component build dir

AIRAVATA-3549 Add intermediate output methods for all users

Merge branch 'AIRAVATA-3550'

Merge branch 'airavata-3319'

Fixing the issue of standard out and error files are not getting registered

Avoiding premature helix manager closure

Gracefully cleaning up the helix manager to avoid stale zookeeper connections

Relevant changes from htcondor branch

AIRAVATA-3549 Add method to check on status of intermediate output fetching

AIRAVATA-3549 Orch: update intermediate output fetching process to FAILED if fails to launch

AIRAVATA-3549 API validation that experiment is executing and there aren't already executing intermediate output tasks

Updated the redirect URI for the geo gateway

Prioritizing external parameters when constructing the slurm script

Updating the slurm script to override parmaters with pre job commands

Ignoring sym links empty directories when building the archive

Merge branch 'AIRAVATA-3549' into develop

Optimizing the un-archiving process by separating out chain comands

Minor logging enhancement

AIRAVATA-3549 Derive the parent process for intermediate output fetching process

AIRAVATA-3549 Regenerated thrift stubs - removing parentProcessId

Minor enhancement

Merge branch 'AIRAVATA-3549' into develop

Fine grained state publish mechanism for helix tasks

Merge branch 'AIRAVATA-3549' into develop

Adding a parent process id field to fetch intermediate outputs as they are bound to parent process data path

Merge branch 'AIRAVATA-3549' into develop

# Conflicts:
# modules/airavata-helix/helix-spectator/src/main/java/org/apache/airavata/helix/impl/task/TaskContext.java

Making task context load on demand

Merge branch 'AIRAVATA-3549' into develop

# Conflicts:
# modules/messaging/core/src/main/java/org/apache/airavata/messaging/core/impl/ExperimentConsumer.java

Fixing the bug in deserializing intermediate output event

Minor bug fix of missing intermediate output filter in ExperimentConsumer

Merge branch 'AIRAVATA-3549' into develop

Merge pull request #275 from apache/log4j-upgrade

Upgrading log4j v1 to log4j 2.16.0 to address recent security vulnerabilities

Merge branch 'log4j-upgrade' into develop

Adding mistakenly deleted api-server start code

Merge branch 'log4j-upgrade' into develop

Upgrading from log4j -> log4j2 + refactoring

Merge branch 'AIRAVATA-3550' into develop

AIRAVATA-3550 newer version of assembly plugin for faster api server assembly

AIRAVATA-3549 Initial API/Orch changes for fetching intermediate outputs

Supporting intermediate transfers at helix level

AIRAVATA-3549 Thrift stubs generated for fetchExperimentOutputs

Ansible: removing beta.distantreader.scigap.org

AIRAVATA-3319 Ansible: add more external IDP userinfo configs

Merge branch 'develop' of github.com:apache/airavata into develop

Adding Dev RNAMake gateway CILogon

Merge branch 'master' into develop

Adding Dev RNAMake gateway

Adding Dev RNAMake gateway

AIRAVATA-3546 Ansible: update certbot, ca certs

Adding Dev RNAMake gateway

Merge branch 'AIRAVATA-3546' into develop

AIRAVATA-3546 Update certbot, ca certs

Adding DeepPDB gateway SSH key and cilogon

Adding DeepPDB gateway

Adding DeepPDB gateway

Merge branch 'airavata-3525'

Ansible: adding global-floods-django-app to deploy

Ansible: changing trecx-django-app git url

Revert "Change in name of AMOS gateway"

This reverts commit bd256279db788bd482d4927c9b2a7b9031c1c7c8.

AIRAVATA-3533 Support redirecting from old HTTPS domain to new HTTPS domain

Change in name of AMOS gateway

Adding new scigateway.ucmerced.edu gateway with cilogon

Adding new scigateway.ucmerced.edu gateway with cilogon

Adding new scigateway.ucmerced.edu gateway

Adding new scigateway.ucmerced.edu gateway

Adding new scigateway.ucmerced.edu gateway

removed the alias added for amp gateway

Updating the AMP gateway new domain

AIRAVATA-3524: workaround for timeout when adding all users to group

Merge branch 'airavata-3525' into develop

AIRAVATA-3525 Fix the OPTIONS setting for MySQL/MariaDB