Added rigging for checking eigenvalues and eigenvectors and some easy test cases.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@721943 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed wrong loop bounds

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@721399 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

completed implementation of EigenDecompositionImpl.
The implementation is now based on the very fast and accurate dqd/dqds algorithm.
It is faster than Jama for all dimensions and speed gain increases with dimensions.
The gain is about 30% below dimension 100, about 50% around dimension 250 and about
65% for dimensions around 700.
It is also possible to compute only eigenvalues (and hence saving computation of
eigenvectors, thus even increasing the speed gain).
JIRA: MATH-220

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@721203 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Added support for copying statistics
Changes to stats classes:
- copy constructor
- static copy(-,-)
- instance copy()
Added copy() to UnivariateStatistic and StorelessUnivariateStatistic
interfaces.

JIRA: MATH-212
Reported and patched by Jason C. HandUber

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@720030 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Added test case to ensure permuting arrays changes hash.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@719995 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Added test case to ensure nextPermutation fails for negative arguments.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@719993 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Clarified javadoc for nextPermutation (to match interface).

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@719991 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Replace hashcode functions with JDK 1.5+ provided impls. Deprecate?

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@719909 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Javadoc only.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@719907 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Added the following methods to ResizableDoubleArray to support MATH-212
changes to stats classes:
copy constructor
static copy(-,-)
instance copy()
equals and hashcode

JIRA: MATH-212

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@719894 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

applied Cyril Briquet's patch adding an observations removal feature to descriptive statistics
JIRA: MATH-229

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@713093 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed typo

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@713088 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

improved error messages

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@712430 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

allow chained IOExceptions even before Java 6

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@712187 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed a forgotten possible NPE

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@712178 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

improved error messages

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@712144 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

leverage null pointer handling,
exception classes can be built using null arguments arrays which
are automatically converted to zero-sized arrays to prevent null pointer exceptions

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@712142 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added factory methods to simplify creation of runtime exceptions with helpful messages

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@712140 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

removed forgotten pre-JDK 1.4 stuff
added protection against null pointer exceptions

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@712136 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added IEEE-754 related useful constants

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@710172 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

replaced RuntimeException by MathRuntimeException

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@710171 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

improved error handling in linear package with finer grained exceptions

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@710168 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

simplified a javadoc sentence

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@710167 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

remove pre Java 1.4 emulation stuff as we now need at least Java 5

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@710166 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Added a scalb method in MathUtils.
This method is similar to the method with same name added in java.lang.Math as of Java 6.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@708001 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed checkstyle warnings

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@705239 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added missing serialVersionUID

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@705231 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

replaced calls to deprecated methods from linear algebra package

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@705211 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

removed unneeded import statements

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@705210 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Fixed error in javadoc.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@703818 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added a first version of eigen decomposition implementation
this version is not finished yet, but it does work when
eigenvalues are well separated and is faster than JAMA for
dimensions above 100.
It still needs work as the MRRR algorithm is not implemented
yet (only the basic parts with twisted factorization is there).
I continue working on this, but wanted to have a first version
committed to let people play with it and as a basis for comparison.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@701897 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added methods to operate directly on double arrays

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@701883 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

removed unneeded multiplications by zero by separating
the first iteration from the following ones in a loop
(once again ...)

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@701857 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

removed unneeded multiplications by zero by separating
the first iteration from the following ones in a loop

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@701852 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

replaced an intermediate variable by its opposite for easier to read expression

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@701846 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added a test ensuring the part of the symmetric matrix below the diagonal is never used

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@701810 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

improved javadoc

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@701809 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed typo

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@701642 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added interfaces for eigen decomposition and for singular value decomposition
the implementation for this interfaces is not ready yet, but it seems
important to show what the interface will look like.
JIRA: MATH-220

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@700492 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

improved javadoc

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@700491 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

updated userguide after deprecation of internal LU decomposition in linear algebra

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@700367 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added a transformer from symmetric matrix to tri-diagonal matrix
(this is only for internal purposes only yet, it will be used later)

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@700272 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed indentation (sorry)

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@699857 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed an matrix mismatch error

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@699855 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added a getQT() method to QRDecomposition interface
compute Q by transposing QT rather than the other way round for efficiency
JIRA: MATH-223

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@699850 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

slight optimization:
cached pointers to row vectors from double arrays
wherever the same row was used in a loop, to avoid
double index computation/range check

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@699846 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Replaced internal LU-decomposition by the external class.
Deprecated the direct call to these methods as users should
really be able to choose the type of solver they want.
LU-decomposition is only one possibility among others like
QR-decomposition.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@699845 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

pulled some solve-related methods higher in the classes hierarchy
(isNonSinglular(), getInverse())

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@699844 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Fixed error in javadoc added in r699704
JIRA: MATH-207

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@699762 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Eliminated the "mutation requirement" in nextGeneration method.
Added algorithm description in javadoc.
JIRA: MATH-207
Reported and patched by David Stefka

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@699704 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

propagated trunk changes from r699157 into branch 2.0
MATH-227.  fixed F distribution inverse CDF computation for small denominator degrees of freedom.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@699468 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Fixed an error in CorrelatedRandomVectorGenerator leading to a component of the generated vector being constant
JIRA: MATH-226

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@696054 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Greatly improved QR-decomposition speed using transposed matrices internally
JIRA: MATH-223

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@695251 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Fixed an infinite loop encountered in some backward integration cases for ODE solvers

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@694197 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added beta distribution
JIRA: MATH-222

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@693959 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

distribution factory was removed after 1.2 release

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@693957 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed typo

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@693862 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added Ted Dunning to the list of contributors (for probability density functions)

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@693607 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Added probability density functions computation for distributions for which it is feasible
JIRA: MATH-222

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@693598 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added matrix transformer to bi-diagonal shape
(for later use by singular value decomposition)

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@691551 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

typos

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@690941 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

removed spurious throws clause

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@690934 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added a decompose method to the base DecompositionSolver interface
to allow a solver to decompose a matrix after construction.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@690803 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Changed the equals() methods from RealMatrixImpl, RealVectorImpl and Vector3D
so that they consider +0 and -0 are equal, as required by IEEE-754 standard.
These were bugs similar to MATH-221 for Complex.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@690314 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Changed the Complex.equals() method so that it considers +0 and -0 are equal,
as required by IEEE-754 standard.
JIRA: MATH-221

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@690308 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added JAMA-like LU-decomposition

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@687519 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Upgrade to latest clirr plugin version 2.2.2 (fixes problem downloading the old artifact from the repo)

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@687302 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Started work on JAMA-like interfaces.
This first step is an enhancement of the existing QR-decomposition interface and associated implementation in JAMA-style, i.e with added getH() method and most importantly various solve methods for least-squares solution of the A * X = B equation.
JIRA: MATH-220

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@687167 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added removeData methods to the SimpleRegression class.
This allows to support regression calculations across a
sliding window of (time-based) observations without having
to recalculate for the entire window every time.
JIRA: MATH-219

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@687021 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed typo

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@683434 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added createRealVector for consistency with Matrix factory methods

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@682190 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Support for one dimensional vectors has been added to the linear algebra
package with a RealVector interface, a RealVectorImpl default implementation
using a single double array to store elements and a RealVectorFormat class for
input/output.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680172 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Support for one dimensional vectors has been added to the linear algebra
package with a RealVector interface, a RealVectorImpl default implementation
using a single double array to store elements and a RealVectorFormat class for
input/output.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680166 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Javadoc fixes.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680165 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Changed OLSMultipleLinearRegression implementation to use QR decomposition to
solve the normal equations.
JIRA: MATH-217

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680162 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

updated minimum java version required

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680144 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

improved explanation of NaN coordinates

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680123 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed javadoc

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680121 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed javadoc comments pasted from ComplexFormat without care

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680113 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed typo

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680111 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

reverting a return type changed inadvertently

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680036 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added in user guide a reference to the Vector3DFormat class for input/output.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680034 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

filtered out findbugs warnings for intentional and documented features

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680032 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

added a Vector3DFormat class

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680029 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

extracted a CompositeFormat base class from ComplexFormat

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@680026 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

change commons-parent to version 11

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@678500 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed javadoc related checkstyle errors

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676891 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

removed false comment
(coefficients are not cached, they are computed for each new instance)

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676882 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

New ODE integrators have been added: the explicit Adams-Bashforth and implicit
Adams-Moulton multistep methods. These methods support customizable starter
integrators and support discrete events even during the start phase.
All these methods provide the same rich features has the existing ones:
continuous output, step handlers, discrete events, G-stop ...

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676737 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

preparing test to work with multistep integrators

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676622 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed test which did not bounce properly when convergence setting was low

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676620 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed a problem preventing integration stop when end time was exactly 0

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676618 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed step size handling in borderline cases.
When an even occurred at step start, the step size dropped to zero
which put integration in an infinite loop

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676615 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

FixedStepHandler now extends Serializable.
This should have been done before when the integrator and problem
interfaces were changed too, but was forgotten.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676612 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

improved robustness in case of events just at integration start

When an event occurs exactly at integration start, the first truncated
steps ends up with zero size. This induced problems with forward/backward
sensing based on this step alone. This also induced an infinite loop in
the calling integrators.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676610 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

fixed a problem introduced by recent changes,
thanks to Phil to spot it

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676291 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Refactored data specification in multiple regression api. JIRA: MATH-255.  Patched by Mauro Televi.

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@676241 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

Simplified integration end handling using the same method as other integrators
(based on a dedicated event handler)

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@675589 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

prevent zero-length steps from generating NaN

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@675578 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68

updated test after step handling changes

git-svn-id: https://svn.apache.org/repos/asf/commons/proper/math/branches/MATH_2_0@675576 13f79535-47bb-0310-9956-ffa450edef68