creating release candidate RC3

Merge branch 'master' into release-candidates

Removed spurious text from NOTICE file.

Modified reference to tag URL in release mail, as per ML discussion.

Added a line with reference to KEYS file in the release mail template.

Simplifying again repartition between LICENSE and NOTICE files.

Merge branch 'master' of https://git-wip-us.apache.org/repos/asf/commons-math

Removed spurious deprecation warning (copy/paste mistake).

Fixed typos and clarified email formatting.

Preparing RC2.

Merge branch 'master' into release-candidates

Improved vote email template, with SHA1 hashes.

Improved release documentation with a direct URL for tag in vote email.

Removed Sobol from NOTICE, as the full license is in LICENSE.

Typo.

Reduced attributions for Orekit to the minimum required by license.

Removed Mersenne twister from notice, as full license is in LICENSE.

The license is also available in the code.

Removed LAPACK license and notice.

Strangely enough, we do not include any code from LAPACK anymore since
several releases! The last reference was for eigen-decomposition and it
was changed long ago to another implementation.
The only material loosely related to LAPACK are some reference values in
tests which were computed using LAPACK, but these are output of LAPACK
routines, not code from LAPACK routines.

Improved reference to license and notice in the end user documentation.

Removed Hairer from NOTICE, as the full license is in LICENSE file.

The license is also present in the Gragg-Bulirsch-Stoer integrator
class.

Remove minpack from NOTICE, as the full license is in LICENSE.

The license is also already present in the code itself.

Added missing Scipy license, moved attribution out of NOTICE file.

Removed unneeded attribution.

As per discussion on the mailing lists, the NOTICE file should retain
only legally important attributions required by upstream sources, not
merely informative atributions.

Typo.

Improved release instructions.

The site for reviewing should not be put in the staging area (otherwise
it may be published too early as this area is shared among all commons
components).

The VOTE mail message should contain the commit ID the tag points at,
for better traceability.

Don't use branch name in Git buildnumber.

As we want to build the artifacts from a clean checkout of a tag, we are
in 'detached head' state, without a branch name.

The build number will retain the most important thing for traceability:
the last commit SHA id.

Fixed some commands and URLS in the release documentation.

creating release candidate

Added the command to check Git tag GPG signature

Improved release process documentation with Git.

Update release howto for Git-based release.

Prepare link gor 3.4 javadoc.

Candidate release date ...

Prevent RAT plugin from complaining about spurious development files.

Setting up realistic limits for JaCoCo.

I think we never met the previous default settings, but did not notice
it in the maven logs before.

Removed unnecessary attribution, as per discussion on developers list.

Made it clear that NaNs or infinities may yield NaN in moment computations.  JIRA: MATH-1146.

Made it clear that NaNs or infinities may yield NaN in moment computations.  JIRA: MATH-1146.

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Fixed cut/paste error in NOTICE.

Replace svn-based build number with git-based build number.

Updated LICENSE, NOTICE files with netlib attributions for BesselJ.  JIRA: MATH-1066.

fixed typos in error messages translations

Including Ekstazi profile (ekstazi.org) to optimize regression tests

Removed unnecessary call to "super()".

Fixed message format formatting.

Added Bessel functions of the first kind, based on NetLib implementation.

JIRA: MATH-1066
Based on patch provided by Brian Wignall

Merge branch 'master' of https://git-wip-us.apache.org/repos/asf/commons-math

Added Bessel functions of the first kind, based on NetLib implementation.

JIRA: MATH-1066
Based on patch provided by Brian Wignall

[MATH-1154] Add clarification to ctor javadoc of all distributions to pass a null random generator in case no sampling is needed.

Javadoc

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Javadoc

[MATH-1142] Improve performance of kalman gain calculation of KalmanFilter. Thanks to Arne Schwarz.

Fixed integer overflow in KolmogorovSmirnovTest causing 2-sample test
to use exact method when the product of the sample sizes exceeds
Integer.MAX_VALUE, resulting in effectively hung execution.

JIRA: MATH-1181
Reported by Gilad

Javadoc

MATH-1180: Sequence of integers

Added to "MathArrays": method to create an array containing a sequence of integers.

Ignore backup files.

MATH-1172: Simple curve fitter

Provides boiler-plate code so that users can readily fit any parametric function.

MATH-1173: Tricubic interpolation

New class "TricubicInterpolator" to replace "TricubicSplineInterpolator".

prepared release notes for version 3.4

updated download page for the next release (3.4)

fixed missing closing element

MATH-1178 (typo in userguide)

Fixed incorrect example in "stat" section.
[Reported by Dmitriy.]

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Conflicts:
src/changes/changes.xml

MATH-1173: Tricubic interpolation

New class "TricubicInterpolatingFunction" to replace "TricubicSplineInterpolatingFunction".

Filter out spurious vertices in polygons boundaries.

MATH-1175

"LaplaceDistribution": Fixed special case of inverse cumulative distribution.

Connect closest node instead of first node below threshold in polygons.

Fixed comment, the test for MATH-1174 does not fail anymore.

Typo.

Deprecated AVLTree and OrderedTuple.

These two classes were dirty hacks used only for the extraction of
boundary from 2D Euclidean BSP trees. They were not really efficient and
produces some problems as topology was not preserved.

A completely new implementation of boundary extraction has been set up
as of 3.4, that preserves more topological information and therefore
should be more robust. This new implementation does not use these
classes anymore.

As AVLTree is not really a math concept, this class is not considered to
belong to [math] scope. OrderedTuple is more a grey zone, but it is
really something inefficient and no need for it is foreseen.

Fixed a problem with too thin polygons considered to have infinite size.

Removed development traces.

set up a weak link between a line and its reverse to avoid duplications.

Added splitters in Boundary attributes.

Reorganized code, avoiding too many internal classes.

Improved accuracy of internal computation.

The improvement is obtained by using high accuracy linear combinations
and by preserving cos/sin as much as possible. This last part is
important in the frequent case of lines along y axis, i.e. when angle is
π/2. We want the cosine to remain 0 and not get about 10^-17.

Identified a new failure mode for polygons.

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Deprecation

Deprecating classes whose functionality is based on buggy code in
"BicubicSplinInterpolatingFunction" (MATH-1166).

Clirr

Revert binary-incompatible change.

MATH-1166: Bicubic interpolation

New classes to replace "BicubicSplineInterpolatingFunction" and
"BicubicSplineInterpolator".

Reactivated method commented out during development.

The method has been deprecated and replaced by a new method. It is not
used at all in the library, but is public so should be preserved.

Fixed a problem with vanishing sub-hyperplanes during BSP tree merging.

Clirr error

Return type cannot be changed (binary compatibility between minor releases).

Formatting.

MATH-1167

Use user-specified threshold to allow detection of singular matrix.
[Reported, with fix, by Neil Ireson.]

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Cleanup.

 * Formatting (braces, indent, conditionals, array declaration, ...).
 * Reduce variable's scope.
 * Temporary variable to avoid multiple accesses to the same array element.
 * Use "final" keyword.

Ignore the IntelliJ project files

[MATH-1165] Fix FuzzyKMeansClusterer when data points equal a cluster center. Thanks to Pashutan Modaresi

Fixed checkstyle warnings.

Update changes file for MATH-1144 (feature requested by Olexiy Movchan).

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Added getInterpolatedSecondaryDerivatives to ContinuousOutputModel.

This method is a close relative to getInterpolatedDerivatives, but is
associated with the secondary state.

JIRA: MATH-1160

Improved javadoc for ContinuousOutputModel and StepInterpolator.

The fact the arrays are reused is stated more clearly, as weel as the
fact changing the time changes the array content.

Yes, it is a bad design, we should change it in the next major version
to allocate fresh new arrays :-(

Provide access to state derivatives in ContinuousOutputModel.

JIRA: MATH-1160

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MATH-1138 #comment added deprecation and accuracy warnings