also improve jmx port allocation in tests

to fix another observed test failure,
at https://builds.apache.org/job/incubator-brooklyn-pull-requests/org.apache.brooklyn$brooklyn-software-base/2439/testReport/junit/org.apache.brooklyn.feed.jmx/JmxFeedTest/setUp/

Port already in use: 40125; nested exception is:
 java.net.BindException: Address already in use

fix race in DSTTest.testCancel

seeing errors on jenkins server though it runs fine locally;
have patched what looks like one race, but not sure it explains the failure
at https://builds.apache.org/job/incubator-brooklyn-pull-requests/org.apache.brooklyn$brooklyn-core/2440/testReport/junit/org.apache.brooklyn.util.core.task/DynamicSequentialTaskTest/testCancelled/
where we are seeing an extra semaphore at the end of the test;
have added comments and logging in case it is seen again.
(locally all is well.)

fix location of yaml file read in by docs

docs build failed without this

This closes #1148

This closes #1164

address minor shutdown cleanup code review comments

suppress explicit termination in main thread;
the shutdown hook is sufficient and it's a bit of work to terminate properly in-thread

background the dev-mode web server shutdown,
and Entities.destroyAll is more graceful on concurrent shutdown

prevent deadlock if requests coming in during startup

better shutdown

call Main.terminate() in the main thread, rather than relying on shutdown hooks

fixes rest-initiated shutdown when using BrooklynJavascriptGuiLauncher
(looks like that has been broken since #771)

This closes #1160

This closes #1162

code review for task-cancellation mode

address code review for #1162

clearer semantics for cancel, and cancel dependent submitted tasks by default

prevents leaks where dependent tasks (eg resolveValue) are submitted in the background,
then the caller is cancelled; the interruption was not propagated.  now by default it is,
to children tasks and to submitted transients, with options for other (weaker and stronger) cancellations.
see TaskInternal.cancel(TaskCancellationOptions), and new tests for cancelling children in DynamicSequentialTaskTest.

also remove deprecated loose-typing ExecutionUtils.invoke,
more TRACE logging for activities,
and wrap batch config in a task so more resolutions are nested

This closes #1163

for chained references, prefer outer catalog item id, and outer tags

as described in changes to release-notes.md

Adds EmptyWindowsProcess

- Includes EmptyWindowsProcess.USE_WINRM_MONITORING, for disabling
  checking of WinRM connectivity.
- Adds EmptySoftwareProcess.USE_SSH_MONITORING, for disabling checking
  of ssh connectivity.

With EmptyWindowsProcess, one can provision an entity that will not
execute anything on the box. That makes it usable even if there is
no direct WinRM connectivity to the box.

Fix EmptySoftwareProcessYamlTest

See https://github.com/brooklyncentral/brooklyn/issues/1377

This closes #1158

winrm: switch to winrm4j v0.2.0, from 0.1.0

- This is a pure-java WinRM client, so removes the jython depenpdency.
- Also changes WinRmTool.executeScript(...) to executeCommand(…),
  and WinRmMachineLocation.executeScript to executeCommand.
- Fixes WindowsPerformanceCounterFeedLiveTest
- Renames Winrm4jTool’s package (from pywinrm to winrm4j).
- Fixes imports that used org.python

This closes #1161

This closes #1123

tidy several other places start(Collection<Location>) is assuming locations are always passed in, not inherited

This closes #1155

This closes #1132

Add more tests. Correct typo.

clean up how start(Location) works, for Dynamic{Cluster,Fabric}

This closes #1159

Fix DynamicFabric locations

- When locations are defined at the YAML top-level, then ensure the
  DynamicFabric finds those.

This closes #1157

This closes #1154

* github/pr/1154:
  Updated JClouds to 1.9.2

Set error logging for MySqlNode

Additional security for MySQL

- it changes the default of sql_mode to include "NO_AUTO_CREATE_USER"
- it will prevent the GRANT statement from automatically creating new
user accounts unless authentication information is specified.

This closes #1131

WinRm documentation - In Powershell use Start-Process ... -Wait

This closes #1153

WinRM docs for correct preparation of windows templates

This closes #1141

Fixed issue with exceptions in Rest Client

Updated JClouds to 1.9.2

WinRM docs for correct preparation of windows template

- Short troubleshooting section that incorrect windows template can
  cause timeouts or fail some deployments
- Settings to Use for an Unattended Installation in known limitations
  section

This closes #1142

* github/pr/1142:
  deprecate group.members.delegate and prevent delegate creation when adding to quarantine - use of delegate to denote quarantine group membership in the jsgui is no longer required due to #929

This closes #1152

[BROOKLYN-183] Add karaf features

Add brooklyn-software-base, brooklyn-software-winrm and brooklyn-policy features.
Ignore for now python imports in brooklyn-software-base.

This closes #1130

This closes #1151

update licenses with latest metadata and dependencies

correct references used in license-readme-generation for new project structure

This closes #1136

This closes #1150

BROOKLYN-215: fix NPE when SshMachineLocation.port==null

This closes #1145

This closes #1146

This closes #1149

This closes #1143

turn off sticky sessions to allow easy balancing validation

fix transformation of values which are Sets

fixing test failure introduced, and expand test coverage;
the problem was not introduced here, but i think it was hidden
because we weren't transforming values in some cases.
presumably now we are transforming better+more,
and with this we're also transforming Set instances correctly.

unwrap type being extended as soon as it is loaded

Better control over opening inbound ports

This closes #1125

This closes #1147

add release notes mention of location changes

parameter-inheritance now marked with TODO, and prev behaviour largely restored

WIP - change semantics of parameter addition

api EntitySpec.parameters(...)  should *add* parameters, like the other methods;
since parameters have just been introduced it is fine to do this

also comments and tidy of other merges

revise tests for new semantics of inheriting locations

also allow nulls in the camp objects since they can come in via `{ location: null }`

Test catalog item tags serialization

Fix catalog XML deserializing

Fixes the serialized XML format so it can be deserialized later.

in AbstractApplication, don't infer locations to pass to start(...)

with this, locations defined on an app are no longer inserted automatically by BasicApplication.start().  this is because locations are now normally defined on yaml.  entities typically prefer a location if supplied to start(...), but if none are supplied there they look in local configuration and then ancestor configuration.  if BasicApplication passes their configured location to the start method, that is trumping any location defined on they descendant entity, which is probably not desired.  if an entity does not define a location, there is no change to behaviour as it looks up ancestor location regardless.  but this fixes a bug where if a location A is defined on an application, and another location B defined on a particular entity in that application, the entity now uses B whereas previously it was using A.  this makes explicit entity startup behaviour consistent with how an entity spec used in a cluster works (which has and still prefers the location defined in the entity spec).

allow locations to be overridden when referring to a type

not sure of the cleanest way to achieve this, but where a type includes a location,
a caller may wish to override it, such as in the default catalog references to template 2.

previously i think locations in referenced types were just dropped (?)
but then it was changed to be additive, which makes sense and is consistent, but
breaks the examples and means there was no way to override a location in a referenced type.

this changes it so that *if* a location block is included on the *referencer*, even if empty,
it overrides the locations on the referenced type. examples are updated accordingly.

an alternative would be to introduce a new explicit field to clear locations;
or a very different alternative would be to put locations in comments in the examples,
and clarify in the code templates/applications (as presently the presence of a location
is what triggers something being editable!); those are worth considering, especially the latter,
but the present change actually seems sensible as it is rare a caller would want to *add*
a location to a referenced type!

better logging and rendering of errors

moved new QA classes to correct location

Adds all interfaces to proxy if deploying concrete application

BROOKLYN-212: more improvements

- Resizable.resize: throw InsufficientCapacityException if didn’t
  manage to reach target size, rather than only if didn’t manage to
  increase in size at all.
- DynamicCluster: delete nodes that throw NoMachinesAvailableException,
  rather than putting them in quarantine.
- Fix AutoScalerPolicy’s max-capacity high-water mark, when
  resizeUpStabilizationDelay is used.

AutoScaler test: remove unnecessary timeout config

succeedsEventually calls can just use the default timeout (unless it’s
a performance test where it must complete in a faster time!)

BROOKLYN-212: AutoScaling doesn’t retry if InsufficientCapacity

- Adds Resizable.InsufficientCapacityException, thrown by
  Resizable.resize() if could not grow at all.
- DynamicCluster catches NoMachinesAvailableException, and rethrows
  as InsufficientCapacityException in resize().
- AutoScalerPolicy catches InsufficientCapacityException, and sets
  insufficientCapacityHighWaterMark to record the max size it can get
  to. Does not try again to resize above that, unless the highWaterMark
  is explicitly cleared by reconfiguring that config value.
- Tests:
  - Changes TestCluster to include history of sizes and desiredSizes
  - Changes TestCluster, so can throw InsufficientCapacityException
    when gets to a particular size.
  - Test for DynamicCluster throwing InsufficientCapacityException
  - Test for AutoScalerPolicyMetricTest, to not resize above the failure
    level again.
  - Test for AutoScalerPolicyNoMoreMachinesTest, for when BYON location
    has run out of machines in a DynamicCluster.

Asserts: expectedFailureOfType checks caused-by as well

enable and fix test for yaml source being set correctly

also transfer catalog item id and test for that

Merge branch 'master' into blueprint-for-app-spec

This closes #1115

fix tests related to app/entity wrapping/unwrapping

tidy up of entity/app unwrapping

Merge branch 'master' into blueprint-for-app-spec

Conflicts:
brooklyn-server/camp/camp-brooklyn/src/test/java/org/apache/brooklyn/camp/brooklyn/catalog/CatalogYamlTemplateTest.java -- tests added

deprecate group.members.delegate and prevent delegate creation when adding to quarantine
- use of delegate to denote quarantine group membership in the jsgui is no longer required due to #929

Fixed an issue, where calling getEntity on BuiltResponsePreservingError would throw a previously caught error. We now throw an IllegalStateException to make it clear where the exception is coming from

This closes #1138

test (failing) for setting the plan yaml on a spec when it comes from a template registry item

This closes #1139

Remove karaf-features auto-generated dependencies.xml

This closes #1137

BROOKLYN-214: fix cancelling of AttributeWhenReady task

This closes #1133

BROOKLYN-213 Fix localhost external IP loader

[BROOKLYN-183] Remove dangling file

The real stuff is karaf/src/feature/feature.xml

[BROOKLYN-183] Remove karaf dependencies.xml from git

The dependencies.xml file can be used to track dependency changes for
karaf features. For this reason it has to be added to the git repository
so such changes can be detected between commits.

However, developers complained about having this file on git, since it
confusingly keeps showing up in commits. Also, at this stage this
tracking is unnecessary.

YAML: don’t wrap sub-entities in BasicApplication

Previously, any catalog item of type “template” would always be wrapped
in a BasicApplication. This was being done in three places. The first
is ok; the second two are bad:

1. When deploying a top-level “template” from the catalog.
2. When referring to a “template” catalog item in a member-spec (e.g.
   for a DynamicCluster)
3. When referring to a “template” catalog item in brooklyn.children.

BROOKLYN-214: fix cancelling of AttributeWhenReady task

Merge pull request #1 from aledsage/iyovcheva/externalised-config-in-catalog-definition-aled

Externalised config in catalog definition

external-config in catalog: avoid parsing items

Don’t parse the “item” or “items” section when populating the catalog.
The camp-yaml DSL section in that is only parsed when the blueprint is
actually being used, rather than when populating the catalog.

Update commons-lang3 to 3.3.2

Matches Alien4Cloud version, used by brooklyn-tosca

ExternalConfig in catalog: improve tests

Support "externalised config" in catalog definition

This closes #1134

Expose BrooklynFeatureEnablement.setDefault

add LoopOverGroupMembersTestCase & TargetableTestComponent. Should have been in previous commit but were excluded due to re-org

Remove discontinued IP lookup service - BROOKLYN-213

The IP lookup service http://www.telize.com/ip was discontinued on the 15th of November 2015.