ASF license headers
authorStian Soiland-Reyes <stain@apache.org>
Mon, 11 Jul 2016 13:51:51 +0000 (14:51 +0100)
committerStian Soiland-Reyes <stain@apache.org>
Mon, 11 Jul 2016 13:51:51 +0000 (14:51 +0100)
15 files changed:
apache-taverna-activity-gis-activity-ui/src/main/java/org/apache/taverna/gis/ui/config/GisConfigurationPanel.java
apache-taverna-activity-gis-activity-ui/src/main/java/org/apache/taverna/gis/ui/config/GisConfigureAction.java
apache-taverna-activity-gis-activity-ui/src/main/java/org/apache/taverna/gis/ui/menu/GisConfigureMenuAction.java
apache-taverna-activity-gis-activity-ui/src/main/java/org/apache/taverna/gis/ui/serviceprovider/GisServiceDesc.java
apache-taverna-activity-gis-activity-ui/src/main/java/org/apache/taverna/gis/ui/serviceprovider/GisServiceIcon.java
apache-taverna-activity-gis-activity-ui/src/main/java/org/apache/taverna/gis/ui/serviceprovider/GisServiceProvider.java
apache-taverna-activity-gis-activity-ui/src/main/java/org/apache/taverna/gis/ui/view/GisActivityContextViewFactory.java
apache-taverna-activity-gis-activity-ui/src/main/java/org/apache/taverna/gis/ui/view/GisContextualView.java
apache-taverna-activity-gis-activity/src/main/java/org/apache/taverna/gis/GisActivity.java
apache-taverna-activity-gis-activity/src/main/java/org/apache/taverna/gis/GisActivityConfigurationBean.java
apache-taverna-activity-gis-activity/src/main/java/org/apache/taverna/gis/GisActivityExample.java
apache-taverna-activity-gis-activity/src/main/java/org/apache/taverna/gis/GisActivityFactory.java
apache-taverna-activity-gis-activity/src/main/java/org/apache/taverna/gis/GisActivityHealthChecker.java
apache-taverna-activity-gis-activity/src/test/java/org/apache/taverna/gis/GisActivityFactoryTest.java
apache-taverna-activity-gis-activity/src/test/java/org/apache/taverna/gis/GisActivityTest.java

index 160adce..15c0cfd 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis.ui.config;
 
 import java.awt.GridLayout;
index 32ea030..c968fea 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis.ui.config;
 
 import java.awt.event.ActionEvent;
index cdf45dc..2c8065d 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
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+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
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+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis.ui.menu;
 
 import java.net.URI;
index 5361629..c9a93f0 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
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+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis.ui.serviceprovider;
 
 import java.net.URI;
@@ -15,7 +35,7 @@ public class GisServiceDesc extends ServiceDescription {
        public static final URI ACTIVITY_TYPE = URI
                        .create("http://ns.taverna.org.uk/2016/activity/gis");
 
-       
+
        /**
         * The type of Activity which should be instantiated when adding a service
         * for this description
@@ -34,7 +54,7 @@ public class GisServiceDesc extends ServiceDescription {
                json.put("processIdentifier", processIdentifier);
                return configuration;
        }
-       
+
        /**
         * An icon to represent this service description in the service palette.
         */
@@ -73,12 +93,12 @@ public class GisServiceDesc extends ServiceDescription {
                return Arrays.<Object>asList(ogcServiceUri, processIdentifier);
        }
 
-       
+
        // All fields are searchable in the Service palette,
        // for instance try a search for exampleString:3
        private URI ogcServiceUri;
        private String processIdentifier;
-       
+
        public URI getOgcServiceUri() {
                return ogcServiceUri;
        }
index 5f56537..f2f3c56 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
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+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis.ui.serviceprovider;
 
 import java.net.URI;
index 13ad4b2..9811100 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis.ui.serviceprovider;
 
 import java.io.IOException;
@@ -32,7 +52,7 @@ public class GisServiceProvider extends AbstractConfigurableServiceProvider
 
        public GisServiceProvider() {
                super(defaultConfig());
-               
+
        }
 
        private static Configuration defaultConfig() {
@@ -69,16 +89,16 @@ public class GisServiceProvider extends AbstractConfigurableServiceProvider
                // TODO: Optional: set description (Set a better description
                service.setDescription(processIdentifier);
 
-               // TODO: Exctract in a separate method 
+               // TODO: Exctract in a separate method
                // Get input ports
-               
+
                WPSClientSession wpsClient = WPSClientSession.getInstance();
 
         ProcessDescriptionType processDescription;
                try {
                        processDescription = wpsClient
                                .getProcessDescription(serviceUri, processIdentifier);
-               
+
                        InputDescriptionType[] inputList = processDescription.getDataInputs()
                        .getInputArray();
 
@@ -91,36 +111,36 @@ public class GisServiceProvider extends AbstractConfigurableServiceProvider
                        newInputPort.setAllowsLiteralValues(true);
                        newInputPort.setHandledReferenceSchemes(null);
                        newInputPort.setTranslatedElementType(String.class);
-                       
+
                        inputPortDefinitions.add(newInputPort);
-                       
+
                }
-               
+
               // service.setInputPortDefinitions(inputPortDefinitions);
-                       
-               
+
+
                // Get output ports
-               
+
                OutputDescriptionType[] outputList = processDescription.getProcessOutputs().getOutputArray();
                List<ActivityOutputPortDefinitionBean> outputPortDefinitions = new ArrayList<ActivityOutputPortDefinitionBean>();
-               
+
                for( OutputDescriptionType output : outputList )
                {
                        ActivityOutputPortDefinitionBean newOutputPort = new ActivityOutputPortDefinitionBean();
                        newOutputPort.setName(output.getIdentifier().getStringValue());
                        newOutputPort.setDepth(0);
-                       
+
                        outputPortDefinitions.add(newOutputPort);
-                       
+
                }
-               
+
                //service.setOutputPortDefinitions(outputPortDefinitions);
-               
+
                } catch (IOException e) {
                        // TODO Auto-generated catch block
                        e.printStackTrace();
                }
-        
+
                results.add(service);
 
                // partialResults() can also be called several times from inside
@@ -130,7 +150,7 @@ public class GisServiceProvider extends AbstractConfigurableServiceProvider
                // No more results will be coming
                callBack.finished();
        }
-       
+
        /**
         * Icon for service provider
         */
@@ -157,7 +177,7 @@ public class GisServiceProvider extends AbstractConfigurableServiceProvider
 
        @Override
        protected List<? extends Object> getIdentifyingData() {
-               return Arrays.asList(getConfiguration().getJson().get("osgiServiceUri"), 
+               return Arrays.asList(getConfiguration().getJson().get("osgiServiceUri"),
                                getConfiguration().getJson().get("processIdentifier"));
        }
 
@@ -180,5 +200,5 @@ public class GisServiceProvider extends AbstractConfigurableServiceProvider
                return false;
        }
 
-       
+
 }
index 1a0dc13..958c626 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis.ui.view;
 
 import java.net.URI;
index 08fff1f..d0d4274 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis.ui.view;
 
 import java.awt.Frame;
index aa5c952..2b8aef0 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis;
 
 import java.io.IOException;
@@ -32,7 +52,7 @@ import org.apache.taverna.workflowmodel.processor.activity.config.ActivityOutput
 
 public class GisActivity extends AbstractAsynchronousActivity<GisActivityConfigurationBean>
                implements AsynchronousActivity<GisActivityConfigurationBean> {
-       
+
        private GisActivityConfigurationBean configBean;
 
        @Override
@@ -61,13 +81,13 @@ public class GisActivity extends AbstractAsynchronousActivity<GisActivityConfigu
                {
                        addInput(inputPort.getName(),inputPort.getDepth(),inputPort.getAllowsLiteralValues(),inputPort.getHandledReferenceSchemes(), inputPort.getTranslatedElementType());
                }
-               
+
                // Add output ports
                for(ActivityOutputPortDefinitionBean outputPort : configBean.getOutputPortDefinitions())
                {
                        addOutput(outputPort.getName(),outputPort.getDepth());
                }
-               
+
        }
 
        @SuppressWarnings("unchecked")
@@ -82,27 +102,27 @@ public class GisActivity extends AbstractAsynchronousActivity<GisActivityConfigu
 
                                // Declare outputs variable
                                Map<String, T2Reference> outputs = null;
-                               
+
                                try {
-                                       
+
                                        // prepare the execute object
                                        WPSClientSession wpsClient = WPSClientSession.getInstance();
 
                                        ProcessDescriptionType processDescription = wpsClient.getProcessDescription(configBean.getOgcServiceUri().toString(), configBean.getProcessIdentifier());
-                                       
+
                                        ExecuteRequestBuilder executeBuilder = new ExecuteRequestBuilder(processDescription);
 
                                        for (ActivityInputPortDefinitionBean activityInputPort : configBean.getInputPortDefinitions()) {
                                                String portValue = (String) referenceService.renderIdentifier(inputs.get(activityInputPort.getName()), String.class, context);
                                                executeBuilder.addLiteralData(activityInputPort.getName(), portValue);
                                        }
-                               
+
                                        ExecuteDocument execute = executeBuilder.getExecute();
-                       
+
                                        execute.getExecute().setService("WPS");
-                                       
+
                                        Object responseObject = null;
-                                       
+
                                        try {
                                                // execute service
                                                responseObject = wpsClient.execute(configBean.getOgcServiceUri().toString(), execute);
@@ -114,30 +134,30 @@ public class GisActivity extends AbstractAsynchronousActivity<GisActivityConfigu
                                        // Register outputs
                                        outputs = new HashMap<String, T2Reference>();
                                        T2Reference simpleRef = null;
-                                       
+
                                        if (responseObject instanceof ExecuteResponseDocument) {
                                    ExecuteResponseDocument response = (ExecuteResponseDocument) responseObject;
-                                   
+
                                    // analyser is used to get complex data
                                    ExecuteResponseAnalyser analyser = new ExecuteResponseAnalyser(
                                            execute, response, processDescription);
-                                   
+
                                    for(OutputDataType output : response.getExecuteResponse().getProcessOutputs().getOutputArray())
                                                {
                                        DataType data = output.getData();
-                                       
+
                                        if (data.isSetLiteralData())
                                                        {
                                                simpleRef = referenceService.register(data.getLiteralData().getStringValue(), 0, true, context);
 
                                                                outputs.put(output.getIdentifier().getStringValue(), simpleRef);
                                                        }
-                                       
+
                                                }
-                                   
+
                                }
-                                       
-                                       
+
+
                                } catch (WPSClientException e) {
                                        callback.fail(e.getMessage());
                                } catch (IOException e) {
index 31d193b..babafae 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
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+ * "License"); you may not use this file except in compliance
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+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis;
 
 import java.io.Serializable;
@@ -10,13 +30,13 @@ import org.apache.taverna.workflowmodel.processor.activity.config.ActivityPortsD
 
 /**
  * Gis activity configuration bean.
- * 
+ *
  */
 public class GisActivityConfigurationBean extends ActivityPortsDefinitionBean implements Serializable {
 
        /*
         * TODO: Remove this comment. Should the jackson ojbect be managed in this class?
-        * 
+        *
         * The configuration specifies the variable options and configurations for
         * an activity that has been added to a workflow. For instance for a WSDL
         * activity, the configuration contains the URL for the WSDL together with
@@ -24,19 +44,19 @@ public class GisActivityConfigurationBean extends ActivityPortsDefinitionBean im
         * is to be returned, while Beanshell script configurations contain both the
         * scripts and the input/output ports (by subclassing
         * ActivityPortsDefinitionBean).
-        * 
+        *
         * Configuration beans are serialised as XML (currently by using XMLBeans)
         * when Taverna is saving the workflow definitions. Therefore the
         * configuration beans need to follow the JavaBeans style and only have
         * fields of 'simple' types such as Strings, integers, etc. Other beans can
         * be referenced as well, as long as they are part of the same plugin.
         */
-       
+
 
        private URI ogcServiceUri;
        private String processIdentifier;
-       
-       public URI getOgcServiceUri() { 
+
+       public URI getOgcServiceUri() {
                return ogcServiceUri;
        }
        public void setOgcServiceUri(URI ogcServiceUri) {
index e533b43..47f80f3 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis;
 
 import java.util.ArrayList;
index 540dd3d..0f43ab0 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis;
 
 import static org.apache.taverna.gis.GisActivity.*;
index 9e143b5..b1e3093 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis;
 
 import java.net.URI;
index 4b137c6..9468849 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis;
 
 import static org.junit.Assert.assertEquals;
index 1134774..6faea0d 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ *
+ * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one
+ * or more contributor license agreements.  See the NOTICE file
+ * distributed with this work for additional information
+ * regarding copyright ownership.  The ASF licenses this file
+ * to you under the Apache License, Version 2.0 (the
+ * "License"); you may not use this file except in compliance
+ * with the License.  You may obtain a copy of the License at
+ *
+ *   http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ *
+ * Unless required by applicable law or agreed to in writing,
+ * software distributed under the License is distributed on an
+ * "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY
+ * KIND, either express or implied.  See the License for the
+ * specific language governing permissions and limitations
+ * under the License.
+ *
+ */
 package org.apache.taverna.gis;
 
 import static org.junit.Assert.assertEquals;